1907年，马功臣出生在濮县马路口村。1931年，他考入濮县师范学校。“九·一八”事变爆发后，马功臣积极参加学校反帝大同盟、读书会等抗日群众组织。1933年春，经管守律介绍，马功臣加入中国共产党，走上革命道路。
1934年夏，马功臣到濮县任小学教员，从事党的秘密活动，进行抗日救亡宣传工作。他和张诚一、王鹏程等团结全县半数以上的小学教员，发起成立小学教员联合会，进行革命宣传活动。1935年，在党领导濮县人民夺取恶霸地主枪支弹药的斗争中，马功臣带领小学教员联合会的先进分子，和刘晏春、刘培岑、黎玉等领导的游击队员一起，夜袭木靳庄，巧夺地主赵振刚的枪支、弹药等物资，使游击队不断发展壮大。
1936年4月，中共鲁西特委成立，马功臣任组织部部长兼濮县县委书记。1938年4月，濮县抗日游击队编入八路军东进纵队第四支队，马功臣任支队政治部民运科科长。5月，马功臣被党组织派遣到河北省邯郸县开展敌占区的抗日武装斗争。邯郸是交通重镇，驻有日军一个旅团司令部和冀南道伊公署，还有警备队、自卫团等，是日军统治冀南的中心，日、伪、匪构成一股庞大的反动势力，狼狈为奸。共产党在此力量薄弱，只有三个农村党支部，10多个党员，活动处于停滞状态。
1938年10月下旬一天夜里，抗日民主县政府和县大队遭到日军的突然袭击，只剩下50人，县政府1个科长不久也溜了。马功臣成了光杆县长。他既当县长，又当县大队长，还要管钱管物管供应。在他的背包里，经常背着一大堆财粮单据，他的警卫员成了财粮保管。面对恶劣环境，他的斗志更加坚定。他把县大队武装拉到永南、肥西地区，坚持游击战争。他要求干部战士严格遵守纪律，处处以身作则。每到一地，都带头为群众担水、扫院子。这年腊月三十下午，部队开始转移，群众也开始准备过年了。为不打搅群众，马功臣提议部队在野外露宿，夜间驻在一个村边的场地里。大年初一早上，村里鞭炮齐鸣，群众三五成群地串门拜年。当有人发现人民子弟兵在野外露宿时，全村群众都惊了，不由分说把战士纷纷拉到自己家中。就这样，部队不论走到哪里，群众一听说是马县长的队伍，都拍手欢迎，热情接待。1939年冬，永南划归邯郸，建立永南区，组建了区委和区公所，改造了村政权，永南一带成了比较巩固的游击根据地。
1939年春天，邯郸境内有日伪军1万多人，日军多数在城内，伪军驻在城外。县城周围有封锁沟，各大集镇和重要路口都有伪军据点，汉奸特务横行。县大队武装只有100余人。如何以少胜多，打开局面呢？马功臣制订了制服伪军、孤立城内日军、占领广大农村阵地的作战计划。
制服伪军的主要方法：第一是打服，严厉打击少数顽固势力（张贴布告，公布罪状）；第二是说服，通过多种方法进行政策攻心，争取多数为我所用。马功臣选择的第一个目标是沙河镇。经过周密侦察，一天夜里，县大队急行军30余华里，包围伪军驻地，通过捉到的哨兵问清口令，一拥而入。他们一枪未发，将伪军全部俘虏，缴获步枪30余支，子弹数百发，处决了两个罪大恶极的伪军小队长。马功臣以抗日政府名义出布告：谁再当汉奸欺压群众，逃不脱如此下场。这一仗使敌人震惊，群众高兴，还受到上级党委的通令嘉奖，并登上《新华日报》。
为多争取伪军不与我军为敌，马功臣以个人名义和伪军头目拉关系，教育他们，“中国人不打中国人”，要“身在曹营心在汉”，并提出三个条件，要他们保证：一不捉我方工作人员，二为我工作人员活动提供方便，三要及时提供情报。按这三条办事，“你不打我，我不打你”。经过一段时间的工作，不少据点的伪军和县大队建立了秘密联系。南沿村据点的伪军是死硬派，马功臣决心予以严惩。1939年秋的一天，正逢该村大集，马功臣挑选20余名精干队员，全部带短枪，化装成赶集人，先后进入寨内。伪军尚未清醒过来，便当了俘虏。他们闪电式的奇袭，使各据点的伪军胆战心惊，一听到“县大队来了”，就吓得不敢动了。县大队利用有利条件，活动范围越来越大，相继建立尚北、沙河等区公所和区分队，改造了一部分村政权，把敌占区变成了游击区。
在游击区，马功臣利用一切时机，积极主动灵活出击，打击日军的嚣张气焰。1939年秋，日军强迫老百姓修筑公路，派兵监工。马功臣便带领10余名战士，化装成修路民工，参加修路。马功臣趁日军把枪架在一起，只留一人看守时，便率领战士出其不意，一拥而上，把枪支全部抢光。这次战斗，缴获步枪10余支、掷弹筒1个，击毙日军2名。
平汉铁路是当时敌人运输战略物资的主要干线，拆断铁路，就等于卡住了敌人的咽喉。在一个零下20度的冬夜，马功臣率领战士扒铁路，抬铁轨，3个多小时，拆毁铁路2华里。战斗结束，他命令战士先行撤离，自己留下来点了几把火，故意暴露目标，惹得敌人机枪、大炮齐鸣。他风趣地说：“敌人给我们送行了。”然后，他从容不迫地返回原地。
1941年春，日军加紧了对解放区的扫荡。为了打击日军气焰，马功臣决定袭击日军后方黄粱梦。副大队长弓少锋事前通过关系，策反了部分伪军作为内应。2月25日夜，由弓少锋率领战士50名，急行军50余里，到达黄粱梦。马功臣率大队在外接应。深夜12点，弓少锋率部直捣炮楼，击毙全部日军，伪军全部缴械投降，15分钟结束了战斗，缴获机枪1挺、掷弹筒1具、步枪30余支，以及大批弹药。这是冀南三分区在反扫荡中的一个重大胜利，受到冀南行署的通令嘉奖。
马功臣只身来到敌人碉堡林立的邯郸，从一支手枪起家，组织县大队，建立情报站，巩固抗日政权，开辟游击根据地，在敌人眼皮底下，开展了既轰轰烈烈又扎扎实实的抗日斗争。群众说，哪里响枪，哪里就能看到马县长。在他领导下的县大队，打击敌人，夺取武器，越战越强。到1941年，县大队已有机枪2挺、小炮1门，其中一个中队全是三八式步枪，还有30余人的骑兵排。活动地区不断扩大。不仅活跃在邯郸，还转战到永年、肥乡、曲周等县，深受当地群众的欢迎和喜爱。
1941年春，日军加强对根据地的扫荡，形势日趋恶化。为了坚持永北的抗日斗争，上级调马功臣任永年县县长。1942年4月，永肥县县大队被敌人打垮，县长被俘，工作打不开局面，马功臣又奉命转任永肥县县长。在短短的7个月中，他昼夜加班，恢复了三个区的工作，组织起保卫壮丁游击队，粉碎了敌人抓壮丁的阴谋，打开了抗日局面。
1942年，是抗日战争最艰苦的一年，敌人在华北连续发动五次强化治安战，环境十分恶劣。12月25日，马功臣率县政府和县大队驻东小西堡，获得敌人据点增兵的消息，便向高寨转移，不料被永年、肥乡赶来的敌人包围。他立即组织部队分路突围，率县政府和一个中队急奔李凹村，跳入通向李寨的一条路沟，又遇大股敌人堵截，突围不成，又折回李凹村。不料敌人用机枪将路沟封锁，马功臣等被包围在一段路沟中，遭敌前后夹击。他虽组织大家猛烈还击，使敌人不敢接近，但队伍已遭受重大伤亡，县政府民政科科长李达等十几个同志光荣牺牲。在激战中，马功臣身中数弹，倒在地上，又坚强地从血泊中爬起来，继续咬牙指挥战斗。此时，子弹快要打光了，而敌人的子弹从四面打来。马功臣一面掩护战士突围，一面镇定自若地撕毁带在身边的文件并埋掉，决心以身报国。当警卫员要背他走的时候，他大声命令：“不要管我，你们快冲出去！”
马功臣壮烈殉国了。这一噩耗，使永肥、邯郸、永年、肥乡等地的人民万分悲痛。在永肥隆重举行的追悼大会上，万余群众痛放悲声。永肥县政府、抗日救国会、八路军游击队、保护壮丁游击队等发表了《告同胞书》。《人山报》（冀南三分区政治部报刊）特出专刊纪念，号召人民继承马功臣遗志，坚持抗战到底，为烈士报仇。为纪念他的卓越功绩，永肥县曾改名为功臣县。